El término municipal de Puente la Reina/Gares limita al norte con Belascoain, Zabalza y Cizur; al este con Legarda y Obanos; al sur con Mendigorria; y al oeste con Mañeru, Artazu y Guirguillano. Se trata de un municipio que se extiende, de Norte a Sur, desde altitudes cercanas a los 1.000 metros (Villanueva, 922 metros) hasta descender, al fondo del Valle, a orillas del río Arga, a los 344 metros a los que se encuentra la localidad.

Puente la Reina/Gares, en la Navarra Media, tiene un clima de tipo mediterráneo-continental y goza de varios días más de sol que Pamplona, que se encuentra a tan solo 23 km.

Toda esta zona era originariamente un gran encinar con presencia también de quejigos y robles. En la actualidad, buena parte de las tierras están ocupadas por cultivos de secano (trigo y cebada, sobre todo) en pleno proceso de reconversión hacia otros cultivos de regadío, tras la llegada al Valle de un ramal del canal de Navarra.

La deforestación de todo este territorio ha hecho que una parte importante del mismo esté ocupada en la actualidad por monte bajo, donde tomillo, ollaga y lavanda ocupan un primer puesto entre los matorrales. La reforestación, por el contrario, se ha llevado a cabo sobre todo a base de pinos, especialmente laricio y negro de Austria y carrasco.